پس از ادغام سه نهاد ایثارگری بنیاد شهید انقلاب اسلامی، سازمان امور جانبازان و ستاد رسیدگی به امور آزادگان در سال ۱۳۸۳ و تشکیل بنیاد شهید و امور ایثارگران، برای خدماترسانی واحد و مطلوب به خانواده معظم شهداء و ایثارگران و حذف خدمات موازی و جلوگیری از اتلاف منابع و کاهش هزینه و مدیریت در بودجه و اعتبارات دولتی و استفاده از امکانات موجود، مسئولین بلند پایه این نهاد مقدس بر آن شدند تا در راستای دستور مقام معظم رهبری و ابلاغ سیاست های کلی اصل ۴۴ قانون اساسی موسسه ای تحت عنوان موسسه فرهنگی و ورزشی ایثار را تشکیل دهند تا اعتبارات حوزه فرهنگی در موسسه مذکور متمرکز شود؛ برنامهریزی و کنترل توسط بنیاد صورت پذیرد و امور اجرائی معاونت توسط موسسه انجام شود.
در سال ۱۳۸۶ با فراهم نمودن زیرساختها و با موافقت معاون محترم رئیس جمهور و ریاست عالی بنیاد شهید و امور ایثارگران وقت، موسسه فرهنگی ورزشی ایثار با توجه به اهداف مندرج در اساسنامه تشکیل و در اداره ثبت شرکتها تحت عنوان موسسه غیرتجاری به ثبت رسیده و فعالیت خود را در سطح ستاد مرکز آغاز نمود.
در سال ۱۳۹۳ همزمان با اتمام ساخت و تکمیل مراکز فرهنگی ورزشی و توانبخشی در برخی از استانها و ضرورت واگذاری مدیریت این مراکز به یکی از واحدهای تابعه، بر اساس نظر شورای معاونین بنیاد و دستور ریاست عالی بنیاد شهید و امورایثارگران مقرر گردید،از ابتدای بهمن ماه ۱۳۹۳ بهرهبرداری از مراکز فوق پس از افتتاح به موسسه ایثار واگذار شود که با الحاق این مراکز به موسسه ایثار موسسه جدیدی تحت عنوان «موسسه فرهنگی ورزشی و توانبخشی ایثار» تشکیل گردید.
در حال حاضر این موسسه در سراسر کشور دارای شعبه بوده که هریک از این شعب در مرکز استان مستقر و به عنوان موسسه فرهنگی ورزشی و توانبخشی ایثار استان مشغول ارائه خدمات به عموم هموطنان به خصوص جامعه معظم شاهد و ایثارگری می باشد.
ضمناً موسسه فرهنگی ورزشی و توانبخشی ایثار دارای شخصیت مستقل حقوقی، اساسنامه، آئیننامه اداری استخدامی، مالی و معاملاتی، رفاهی، حقوق و دستمزد و … می باشد.